ശ്രീനാരായണ ഗുരുദേവന്റെ പാദ മുദ്രയാൽ ധന്യമായ, ജനവാസം തീരെ കുറഞ്ഞ, സാധാരണക്കാരും കർഷകരും മാത്രം വസിച്ചിരുന്ന കണ്ണങ്കോട് എന്ന കൊച്ചു ഗ്രാമത്തിൽ 125 വർഷങ്ങൾക്കു മുമ്പ് ഗുരുദേവന്റെ ശിഷ്യനായ കൊച്ചുനാരായണസ്വാമി എത്തിച്ചേരുകയും ഇപ്പോൾ ക്ഷേത്രം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന സ്ഥലം ക്ഷേത്രനിർമാണത്തിന് അനുയോജ്യമാണെന്നും അവിടെ ക്ഷേത്രം നിർമ്മിക്കണമെന്ന ഗുരുദേവ കൽപ്പന അറിയിക്കുകയും ചെയ്തു. സ്ഥലത്തിന്റെ ഉടമസ്ഥത ഉണ്ടായിരുന്ന കിഴക്കേക്കര കുടുംബം തൃപ്പാദ കൽപ്പന ശിരസാ വഹിക്കുകയും അവിടെ ക്ഷേത്രം നിർമ്മിക്കുകയും ചെയ്തു. കൊച്ചുനാരായണസ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിൽ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയുടെ പ്രതീകമായ വേൽ പ്രതിഷ്ഠിക്കുകയും, ഗുരുദേവന്റെ ചിത്രവും മഹാഗണപതി വിഗ്രഹവും പ്രതിഷ്ഠിക്കുകയും ചെയ്തു. കാലക്രമേണ ഗുരുദേവ ചിത്രത്തിനും വേലിനും ജീർണത സംഭവിച്ചപ്പോൾ ദേവപ്രശ്നം നടത്തുകയും പ്രശസ്ത ജ്യോത്സ്യൻ ആറ്റുവാശ്ശേരി ശ്രീനിവാസൻ ജ്യോത്സ്യർ വിധി നിർദ്ദേശിക്കുകയും ചെയ്തു. ദേവപ്രശ്നത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയും ശ്രീനാരായണ ഗുരുദേവനും തുല്യപ്രാധാന്യമോടെ പ്രതിഷ്ഠ ചെയ്യണമെന്നു നിർദേശിച്ചു. 22 വർഷങ്ങൾക്ക് മുൻപ് ക്ഷേത്രം പുനർനിർമ്മിച്ച് 2003 മെയ് 12ന് പ്രതിഷ്ഠാ കർമ്മം നിർവഹിച്ചു ആരാധന നടത്തിവരുന്നു. കിഴക്കേക്കര കുടുംബത്തിലെ കാരണവരായിരുന്ന ഗോവിന്ദൻ ഭക്തർ ക്ഷേത്രം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന സ്ഥലം പിൽക്കാലത്ത് എസ്എൻഡിപി ശാഖയ്ക്ക് കൈമാറി.